早在湘军水师在镇压太平天国起义的过程中，曾国藩便萌生了将湘军水师改为长江水师的想法。咸丰十一年(1861年)湘军占领安庆的时候，清廷下谕曾国藩咨询筹设长江防守事宜。曾国藩复奏，以为江防局面宏远，事理重大，而湘军水师船只至千余号，炮为至二、三千尊，逐年积累，成此巨观，将来战事定后，利器不宜浪抛，劲旅不宜裁撤，应专设长江水师提督一员，添设额缺若干，安插此项水师，以壮江防，而绝中外窥伺。
奏请将团练式的湘军水师改建为经制绿营式长江水师。
清政府考虑到要维护长江一带的稳定和安置湘军立功水勇，批准了曾国潘的建议。
于是以湘军水师改建为经制的长江水师
长江水师在改制之后，其官兵人数变化不大，武器装备长期没有更新，木质师船伴随其始终，前装洋枪炮、旧式鸟枪以及刀矛等冷兵器更新缓慢。
长江水师自始至终几乎没有使用过近代兵轮，尽管其提督曾统领过南洋兵轮，但它们并不归长江水师使用。
长江水师主要以资历和关系为标准。从其内部选拔原湘军立功水勇为军官，招募沿江渔民为水兵，高级将官职位基本上被湘淮集团所控制，具备近代军事知识的新式人才很难进入。
它固守原湘军水师训练方式和治军条例，并保留了绿营水师的一些规章。
长江水师经费主要由沿江五处厘卡供给，岁饷70余万两白银，却被大量的整体人事经费占去。
长江水师实质上已经成为纪念湘军水师昔日辉煌和湘军立功水勇安度余生的地方，其战斗力始终保持在旧日湘军水师的水平。
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