后来，严堃提讯时，张克友试图翻供，但换来的又是一顿残酷的酷刑。为了活命，他不得不再次承认杀了人，并胡编乱造了一个案情。但这个谎言很快就被何春荣和高冯氏戳穿了。
第三次，张克友又编出了一个叫薛春芳的人，声称自己伙同另外两人杀死了他。然而，这个薛春芳根本就是子虚乌有的人物。
其余的两名嫌犯也经历了和张克友一样的遭遇。他们几番受刑，几番被逼供，几番编造案情。只要有人想辩白，不服从，就会遭到严刑拷打。最终，在无尽的折磨下，三人不得不统一口径，认下了这起命案。
专案组决定再次传讯那些当年参与案件的低级官员和兵勇，希望从他们口中找到更多线索。
姜志，那位曾经的把总，在审讯中坦承，他亲眼目睹了胡金传和严堃对曲学如的残酷拷打。那场面，简直让人不寒而栗。或许正是那番严刑逼供，让曲学如等人心生恐惧，以至于在洪汝奎复核案件时，即便没有动刑，他们也选择了照前认罪。
而关于那所谓的杀人凶器，真相更是令人震惊。竟然是兵勇将绍宗的裁纸小刀沾了鸡血，人为制造出来的！这一发现，让专案组更加确信，光绪3年的三牌楼案，无疑是一个彻头彻尾的冤案！
认定冤案只是第一步，真正的挑战在于如何拨乱反正。刘坤一深知此事的严重性，他亲自写信给洪汝奎，邀请他前往江宁，共同商讨如何妥善处理这桩陈年旧案。
此时的洪汝奎，内心却是五味杂陈。他正处于权位的上升期，而这桩旧案，无疑是他仕途上的一颗定时炸弹。他知道司法公正的重要性，也知道冤案必须得到平反，但如果这意味着要牺牲自己的利益，那他该如何抉择？
经过深思熟虑，洪汝奎最终选择了按兵不动。他佯装成一个旁观者，静待事情的发展。他明白，这桩旧案背后牵扯的势力错综复杂，稍有不慎，就可能引发更大的风波。他只能静观其变，等待一个合适的时机，再出手解决这个棘手的问题。
刘坤一深知洪汝奎这块硬骨头难以啃下，于是果断地将矛头转向了胡金传。他毫不犹豫地奏请朝廷，将胡金传革职查办，势必要揭开这起案件的真相。
胡金传却是个难缠的对手。他一到案，就矢口否认刑讯逼供的事实，要么直接否认，要么就东拉西扯，避重就轻。刘坤一看着时间一天天过去，重启案件已经快要满四个月了，再这样拖下去也不是办法。他下定决心，联合江苏巡抚，一同请求对胡金传进行刑讯，同时将所有涉案官员全部卸任，传讯到江宁听候查办。
这一举动无疑在江苏官场掀起了轩然大波，刘坤一等于是在与整个官场为敌。果然，这一做法立即遭到了部分朝臣的反对。其中，翰林院侍讲学士陈宝琛更是站出来公开质疑，他认为这起案件已经超出了人命本身的价值，更像是竞争对手借势打击洪汝奎。陈宝琛还对案件提出了不少疑点，试图动摇刘坤一的决心。
面对陈宝琛的质疑和朝臣们的反对，慈禧太后不得不亲自出面。她指派理藩院尚书麟书和刑部侍郎薛允升担任钦差大臣，专门查办这起三牌楼案。
两位钦差大臣不负众望，经过二十天的紧张工作，他们呈递了结案报告。报告中认定：薛春芳其实就是朱彪，两起三牌楼案其实是同一起案子。这起案件是由胡金传主导、蒙蔽洪汝奎制造的冤案！这一结论无疑给了刘坤一最大的支持，也让他在这场与官场的较量中占据了上风。
光绪八年的二月二十九日，那个被众人瞩目的日子，朝廷终于公布了关于三牌楼案的判决结果。周五，那个被指为杀人首犯的恶徒，被判处斩立决，即将受到极刑的惩罚。沈鲍洪，作为参与杀人的共犯，也难逃法网，被判绞立决，生命将在痛苦中终结。
半个月后，京城刑场上，周五和沈鲍洪被押赴刑场，面临正义的制裁。围观的人群议论纷纷，都在谈论着这起震惊朝野的大案。
而那个曾做伪证的方小庚，早已在狱中病死，他的谎言和背叛，最终也未能逃脱命运的惩罚。至于洪汝奎和严堃，这两位曾经的官员，因包庇罪犯、玩忽职守，被朝廷革职，并被发往军台效力赎罪，以偿还他们的罪孽。
至于其他涉案的官员，他们的命运也将由刑部议处，等待他们的，将是法律的严惩和正义的审判。这起三牌楼案，终于得到了应有的处理，正义的天平，再次在朝野间恢复了平衡。
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