在那个年代，执掌江苏省乃至江南地区的顶头上司，乃是名声在外的两江总督铁保。铁保，一个来自满洲正黄旗贵族家庭的英才，年纪轻轻便在科举道路上崭露头角，二十岁就跃入进士行列，此后仕途亨通，先后担任过副都统、侍郎、山东巡抚、漕运总督等要职。早年间的铁保，以其严谨的工作态度和卓越的领导才能备受敬仰。
然而，李毓昌案发生的那一年，铁保已步入五十七岁的晚年，人生进入了夕阳之秋。对于这位耆宿而言，追求功名成就已然不是首要目标，更多的是期盼能在余生享受宁静的退休生活。因此，铁保对待政务的态度逐渐变得宽松疏懒，不再是昔日那个兢兢业业的铁腕总督。
此外，铁保还是一位享誉清朝的书法大家，他更多的时间和精力被投入到研习书法、浸淫经典之中，对于日常的行政事务则是能简则简，仿佛完全放权给下属，成了个悠闲的“闲云野鹤”。近几年来，两江地区频发治理不当的事件，铁保也因此多次遭到嘉庆皇帝的责备。虽然铁保也曾多次表示悔过，但实际上仍旧固守己见，对政务懈怠不改，这使得两江地区的种种问题更加扑朔迷离，也为李毓昌案的后续发展蒙上了一层厚厚的悬疑面纱。
在李毓昌这个名字背后，铁保总督其实有着深深的渊源。十三年前，身为山东乡试主考官的铁保慧眼识珠，亲手选拔了李毓昌为举人，从此，李毓昌成为了铁保门下的得意门生。当李毓昌赴江苏候补知县之职时，特意携带门生之仪拜访了恩师铁保。
数月之后，铁保听闻李毓昌意外自缢身亡，虽然感到诧异，但他并未对此事进行深入追究。直至接到圣旨，铁保不敢有丝毫懈怠，亲自前往淮安，对相关人员进行了提审：首先是山阳县知县王伸汉，还有跟随李毓昌的随从胡太，负责验尸的仵作李标，以及事发地善缘庵的僧人源福。
这四人口径一致，坚称亲眼见证了李毓昌确实是自缢而死，并无中毒迹象。铁保得到了这个看似合理的结论，自觉已尽职尽责地完成了皇帝交付的严查使命，便满意地返回了总督府。
而对于李毓昌案中至关重要的三位随从，铁保仅淡淡地询问了他们的去向，得知他们早已各奔东西，难以联络后，铁保便放弃了寻找。实际上，铁保没有深入彻查此案的另一个重要原因在于，被怀疑涉案的山阳县知县王伸汉与淮安知府王毂，恰恰都是他曾经举荐的官员。潜意识里，铁保不愿相信自己的门生和举荐之人会与此案有染，因此，他选择了浅尝辄止，不再深究。
在大清朝的疆域版图中，淮安府及辖下的山阳县堪称苏北的战略要地，这里是京杭大运河与淮河的交汇之所，更是漕运总督府与河道总督府的驻跸之地，地位举足轻重。在这片土地上，淮安知府与山阳县知县无疑是朝廷重点关注的“要缺”职位，人选必须由两江总督在江苏在职官员中遴选，推荐那些品行优良、经验丰富且业绩斐然的官员担当重任。
彼时的淮安知府王毂，乃安徽黟县人氏，凭借贡生资格踏入仕途，历经宦海沉浮，终在嘉庆十三年获得了铁保的赏识与举荐，走马上任淮安知府。
而山阳县知县王伸汉，则是陕西渭南籍贯，当时五十三岁，他的仕途起步源于捐纳，即通过出资购买官职，从最低的从九品一步步捐升至知县之职。就在嘉庆十三年的五月，山阳县知县一职出现空缺，时任两江总督铁保提出建议，让王伸汉暂代知县职务，并在同年十月正式上奏朝廷，请求将其正式任命为山阳县知县。
铁保在奏折中对王伸汉推崇备至，称其“心明眼亮，勤勉务实，自代理山阳县以来，处理漕粮诸事务从未有过疏漏，如今正式调任实职，确是最佳人选”。
正因为如此，铁保在主观上无论如何都无法接受半年前自己力荐并给予极高评价的王伸汉，竟有可能涉嫌毒杀朝廷命官的事实，这岂不是等于狠狠打了自己一记响亮的耳光？这不仅是对他个人识人眼光的质疑，更是对朝廷官场制度的冲击，为整个案情增添了无比浓厚的悬疑色彩。
正当铁保草率应付复核工作之际，远在山东的调查团队却步步推进，收获了实质性的突破。
李毓昌的灵柩迅速运抵济南，山东巡抚吉纶携手山东布政使、按察使，连同济南知府、历城知县一同亲临验尸现场。遗憾的是，李毓昌离世已达八个月之久，其遗骸已严重腐朽，凭肉眼根本无法判断是中毒身亡还是自缢而死。于是，吉纶等人决定采用古老的蒸骨验尸法，以求揭示真相。
根据《清稗类钞》记载，尽管李毓昌的尸身已然腐化，但经过仵作细致清洗，特别是用水银擦拭后，竟在其肌肤上显现出了大面积的青黑色斑痕，这昭示着死者生前确曾中毒。
在圣旨传达之前，江苏省的部分官员早已嗅到了危机，尤其是王伸汉，他不惜派人携带着厚重的银两奔赴济南，意图贿赂相关的官员、书吏以及仵作，期望他们隐瞒事实，助他脱罪。在权力与金钱的诱惑下，部分官吏出于人情考量或者利益驱使，答应了为王伸汉掩饰罪行。
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