康复后的曾小二正准备再度启程，却从途经的行人那儿得知城中商氏被杀的噩耗，心头一震。他深知施惠卿不是那种滥杀无辜之人，离家前他已把所有事项与商氏交接清楚，施惠卿得到财物后根本没有理由再去杀害商氏。深感施惠卿被冤枉的曾小二，毅然决定折返回城，径直走进大牢，与被囚禁的施惠卿面对面交谈，共同解开心中的疑惑。为了洗刷施惠卿的冤屈，曾小二决心找上新任的监察御史来本如，递交诉状，请求重审此案。
曾小二说到做到，他带着状纸直奔来本如的办公室，将其郑重呈上。来本如接过状纸，决定亲自审讯曾小二和施惠卿。他首先询问曾小二家中近期是否有亲戚来访，曾小二摇头答道，自家贫困，平日罕有亲戚走动。接着又问施惠卿，施惠卿坦诚自己独居已久，最近巷口宝应寺的和尚们搭建帐篷募款，他曾邀请和尚到家中用餐，并打算捐赠三十两银子，但银两最终给了曾小二家，自那之后，和尚就没有再来过。而这个细节，也许正是揭开案件真相的一丝线索。
来本如听闻宝应寺和尚之事，忙向里正询问和尚是否还在城中，里正回复和尚们已经回到了寺庙。于是，来御史下令暂时羁押施惠卿，决定亲自前往宝应寺调查。来到宝应寺，只见大殿正在进行修缮，而十位和尚中有九位正在庙内，据说是为了响应来本如的通知，提前等候。来本如命令住持一一核实人数，结果发现确实少了一位和尚。他怒不可遏，今日特地设宴招待和尚们，竟有人胆敢缺席，实在嚣张至极。来本如立即指示差役对寺庙进行彻底搜查，最终在一处废旧的香积厨下，发现了一个缩成一团的和尚。
和尚被拽出藏身处洗净面目后，来本如又让施惠卿的邻居们辨认，大家都一致指认这位和尚就是在巷口募捐的那个人。来本如果断将这名和尚带回衙门审讯，经过一番盘问，和尚最终承认是他杀害了商氏。这个和尚名叫去非，得知施惠卿将所有的钱都给了曾小二，心中顿生贪婪和不甘。他并不知道曾小二当晚已用这笔钱偿还了债务，因此在曾小二家门外伺机等待，企图偷回那些钱。
那一夜，施惠卿离开曾小二家后，商氏独自留在屋内。去非和尚瞅准时机，在确认施惠卿和曾小二都不在家后，大胆闯入曾小二家，企图侵犯商氏。商氏面对非礼坚决反抗，去非和尚害怕被人发现，冲动之下竟狠心将商氏掐死。
来本如详细记录了去非和尚的供词，随之下令对其进行三十大板的杖责，并将其关押在死牢之中。他还严厉责备了宝应寺住持，认为其包庇恶徒理应受到连坐，但此次仅处以三百两银子的罚款，用以赔偿给施惠卿。随后，来本如传唤了沈县令，指责其滥用刑罚、逼迫无辜，同样罚其五百两银子补偿给施惠卿。然而，施惠卿不愿接受这笔赔偿，他决定将一半捐给宝应寺，另一半捐给曾小二，表明自己也要追随佛门，立志出家为僧。曾小二听闻后，也表示自己同样向往五台山，不打算接受这笔钱，也愿意捐给寺庙。
面对这一情形，来本如思索再三，决定将这笔钱用于整顿寺庙。他下令将宝应寺内年轻尚未成气候的和尚遣散回家，每人发放足够的路费，并严令他们在短期内不得再回寺庙。清理掉这批心性不良的和尚后，来本如做出了一个大胆的决定：将宝应寺交由施惠卿和曾小二共同管理，鉴于寺庙中的和尚已流失大半，急需招募新的僧侣填充。于是，来本如张贴了公告，公开招募品德高尚、虔诚修行的和尚加入宝应寺。公告一经传出，反响热烈，众多僧人纷纷前来报名，宝应寺内一时热闹非凡，呈现出焕然一新的景象。
午后阳光洒落在古朴的街头，一个与众不同的和尚出现在视线中。他目光阴鸷，满脸凶煞之气，手中紧握一把沉重的生铁禅杖，胸前挂满了颗颗晶莹的佛珠，虽形似《水浒传》中的鲁智深，却无其慈悲之心，反倒透出一股铁石心肠般的冷酷。来本如一眼就认出了这个人，正是五年前方才将他推向枯井深渊的凶悍僧人。和尚似乎已忘记那次往事，但来本如记忆犹新，此刻相见，可谓是冤家狭路相逢，和尚这次恐怕插翅难逃。
来本如保持着冷静，不动声色地稳住了和尚，趁其不备，收缴了他的禅杖，并将其引入庙内。和尚还没来得及反应，四周的官差如同猎豹般从四面八方一拥而上，迅速将他捆绑结实。和尚拼命挣扎嘶吼，然而来本如身边的差役各个训练有素，尽管和尚力大无穷，终究还是无法挣脱。
被紧紧绑在来本如面前的和尚，面对质问，仍然矢口否认罪行。来本如平静地讲述起五年前的那段往事，和尚听着来本如的叙述，过往的记忆如同潮水般涌现，他终于承认了自己曾在桐乡县与师兄一起为非作歹，并间接造成了周氏的死亡，虽然行凶者是其师兄，但自己确实曾将来本如赶入枯井。
原来，这位凶狠的和尚名为道虚，他的师兄名为道微。来本如追问道微现今的下落，道虚却声称自那次事件后，他就与师兄失去了联系，从此再没见过面。来本如不放心，命令寺中僧人翻阅了僧侣登记簿，惊讶地发现道微和尚几天前竟然刚刚在庙中报到。来本如立刻提审了道微和尚，起初道微拒不认罪，但在道虚和尚的当面对质，以及来本如精心布置的诡计——让差役假扮女鬼诱使道微吐露实情后，道微和尚在极度恐慌之下，终于承认了杀害周氏的罪行。
进一步审讯之下，来本如揭露了道微与道虚这对师兄弟在过去的五年间，流窜各地，多次为了财物而残害无辜，已有数条人命死于他们之手。身为出家人的道微、道虚二人，却未能坚守戒律，屡次犯下滔天罪行。来本如依法判处他们死刑，最终，道微、道虚和尚与之前被捕的去非和尚一道，被绑上柴堆，在公众面前执行了火刑，结束了他们罪恶的一生。
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