此刻，众人心中充满了疑惑和不安——这个来本如究竟是谁？他和周氏的死有什么关系？穿红鞋的凶手又究竟去了哪里？这些谜团仿佛一道道阴影，笼罩在每个人的心头，让他们不禁感到一阵莫名的恐惧。
胡县令话音一落，随即命令手下准备动用重刑。两班衙役早已严阵以待，他们一听到县令的命令“打！”，便毫不留情地挥起板子，狠狠地朝来本如身上砸去。来本如痛得撕心裂肺，浑身的骨头仿佛都被打散了一般，最终承受不住酷刑的折磨，昏死过去。但衙役们并未就此罢休，他们用冷水将来本如浇醒，接着又是一轮残酷的拷打。
经过几番残酷的折磨，来本如终于无法再忍受下去，他心理防线崩溃，只能无奈地承认是自己加害并杀死了周氏。
胡县令见来本如已经招供，便毫不犹豫地判了他死罪，将他打入大牢之中。此事迅速在城内外传开，引起了轩然大波。水员外听到来本如因杀人被关押的消息后，心中充满了惊讶和不解。他一直认为来本如是个诚实可靠、风度翩翩的君子，怎么可能做出如此伤天害理的事情呢？
怀着满腹疑惑，水员外亲自来到狱中探望来本如。在狱中，来本如将整件事情的前因后果一五一十地告诉了水员外。水员外听完之后，对来本如的遭遇深感同情，并安慰他一番。同时，他还表示会尽力想办法帮助来本如洗清冤屈，将他从牢狱中救出来。
时光荏苒，转眼已是三年过去。来本如在这阴暗潮湿的牢狱中度过了漫长的岁月，而水员外则不惜一切代价，为他四处奔走，打点关系，只为保全他的性命。若非水员外的全力相助，来本如恐怕早已命丧黄泉。
此时，江南地区方腊作乱，朝廷派出了张叔夜作为招讨使，带领梁山降将前去征讨。方腊在接连的败仗中，不得不放弃江南，带着残兵败将逃往浙江。浙江当地的官府衙门纷纷逃离，牢房中的犯人也都趁机逃走，空无一人。
张叔夜抵达桐乡后，方腊的军队继续败退。他检查了桐乡的大牢，发现里面的犯人几乎都已逃走，唯独一个书生还静静地呆在牢房里。这个坚守在牢中的书生，正是来本如。张叔夜好奇地询问来本如究竟犯了何罪，又为何不趁机逃走。来本如坦然地将自己的遭遇说出，并表示自己宁愿一死，也不愿成为和乱民一样的逃犯。
张叔夜听后深感来本如是个有骨气的正人君子，于是他将来本如的案卷找来仔细查看。经过一番审视，他发现了其中的疑点。如果来本如真的祸害并杀死了周氏，那么他何必还要留下红鞋作为把柄呢？再者，来本如失足掉入井中，如果鞋子丢失，也应该是在井边，而不是远在庙门口。这些疑点让张叔夜断定，来本如是被冤枉的。
于是，张叔夜做主，将来本如赦免无罪，让他重获自由。来本如感激涕零，终于走出了这个困住他三年的牢狱，重新开始了他的生活。
来本如终于洗清了冤屈，正要向张叔夜拜辞离去。然而，张叔夜见来本如仪表堂堂，言谈举止间流露出不凡的韬略与文化底蕴，心中不禁暗自赞赏。经过一番思量，他决定留下这位才华横溢的年轻人作为自己的参谋。
此时江南战乱未平，来本如的家园也早已化为一片废墟，无家可归的他感激张叔夜的收留，便留在了军中。两人正在交谈之际，一名军校匆匆前来禀报，称在府衙后堂发现了数百名年轻女子，她们都是方腊撤军后留下的。张叔夜心中一沉，他知道这些女子都是被掳来的无辜民女，当即下令军校将她们全部释放回家。
军校们开始逐一点名释放这些女子，当点到一半时，突然一个女子从人群中走出，大声呼喊着来本如的名字。来本如仔细一看，惊喜地发现这位女子正是水员外的小妾封氏。当初正是封氏介绍他来水员外家当教书先生的，两人因此结下了深厚的情谊。
来本如连忙上前询问封氏为何会流落到这里，封氏含泪讲述了战乱后她与水员外一家避难的遭遇。原来他们在途中被方腊的士兵冲散，封氏不幸被掳走。如今她也不知道水员外和其他家人的下落。来本如心中焦急，忙问封氏那个尼姑庵的具体位置，封氏告诉他就在五十里外的水月庵。
来本如立刻请求张叔夜帮忙寻找水员外一家，张叔夜立刻派出一队精兵前往水月庵。同时，他将封氏暂时安顿在县衙的房间里，等待家人的消息。不久后，精兵们找到了水员外一家并将他们带回了县衙。水员外对来本如的救命之恩感激不已，当场决定将女儿妙姑许配给他。
张叔夜也为两人的结合感到高兴，他慷慨地出资二百两彩金和二十端彩币作为聘礼，并约定在大军凯旋之日让来本如和妙姑成亲。不久之后，在张叔夜和来本如的共同努力下，他们成功设伏活捉了方腊，荡平了方腊本部。大军凯旋而归，张叔夜因立下大功被升为枢密院正使，而来本如作为参谋也被赐进士及第并升为广东监察御史。
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