包公见二人争辩不休，心中不禁生疑。他心想：既然谋害了宁龙，船中怎会无一物？银子又藏在何处？那千两之货究竟置于何地？于是，他下令暂时停止用刑，将二人收监候审。
包公在第二天一早便升堂审案，将单贵和叶新二人带到堂前。他命令单贵站在东廊，叶新站在西廊，开始分别询问两人。
包公先看向叶新，严肃地问道：“那晚劫你船的贼人，一共有多少人？他们穿着什么样的衣服？长相如何？”叶新想了想，回答道：“三更时分，我们四人都在船中熟睡，突然一群贼人将船拖到江心。其中有一个身材高大，穿着青衣，脸上涂着颜色的人最先上船。紧接着，三只小船团团围住我们。宁龙主仆见到贼人上船，惊慌失措地跑到船尾，跳入水中。那个青衣贼人还想打我，我苦苦哀求说：‘我只是船户。’他才放手，然后抢走了船上的所有货物。现在宁龙却诬告我，这简直是昧着良心说话。”
包公点了点头，让叶新退到西廊。接着，他又转向单贵，问道：“你说说看，劫你船的贼人有多少？他们穿着什么样的衣服？长相又如何？”单贵回忆了一下，回答道：“也是三更时分，贼人将船拖到江心，四面围上来七八只小船。有一个穿着红衣的年轻人跳过船来，把宁龙主仆二人丢入水中。他还想把我丢进去，我说：‘我不是客商，只是船户。’他才放了我一马。不然的话，我也得跟他们一起跳进水里，命就没了。”
包公听完两人的陈述，发现他们的口供并不一致。他心中疑惑加重，于是下令将二人夹起逼问。单贵和叶新在酷刑下痛苦呻吟，纷纷喊道：“我们虽然谋了他的财物，但并未回家，那些财物究竟藏在哪里？我们真的不知道啊！”然而，无论包公如何施压，二人始终不肯招认。
包公无奈，只得暂时将二人收监，心中却明白这起案件并非表面看起来那么简单。
包公亲自乘坐轿子前往船上查看，却发现船内空空如也。他仔细查看船体，发现船底有一处缝隙，边缘平滑无棱角。于是，他命令手下将船底撬开。撬开后，只见船内藏有大量货物，包括衣物、器具等，还有两只皮箱装满了银子。包公立即下令将这些物品抬回衙门，取出宁龙来辨认。
宁龙仔细查看后，摇头道：“这些旧物并非我的，我不敢冒认。但这些新货和银子都是我的，只是这两只新皮箱不是我的。”包公听后，立即命人将单贵和叶新带到堂前。他指着满地的货物问道：“这两个恶贼死不招认，这些东西究竟是谁的？”单贵狡辩道：“这些东西都是客人寄存的，哪里是他的？”
宁龙冷笑一声，说道：“你说是别人寄存的，那你把皮箱簿账拿出来看看？这只旧皮箱左旁有一个‘鼎’字标记，难道还能抵赖吗？”包公立刻命令手下检查皮箱，果然在旧皮箱左旁发现了一个“鼎”字标记。
于是，包公下令对单贵和叶新严加拷问。在酷刑之下，二人终于招供出真相。原来，他们早已将货物卖到南方，所得一千三百两银子分成两箱，二人各得一箱。
包公听完案情，当堂宣判道：“单贵、叶新二人，贪图钱财，驾船载货，因贪念而谋杀客人。客人宁龙误上贼船，遭其毒手。二人趁酒醉将主仆推入江中，自以为得逞，岂料天网恢恢，疏而不漏。虽仆遭溺亡，但主获救脱险。今从船底搜出赃物，二人亦已招供。判单贵、叶新二人秋后斩首，以偿季兴之命；所劫财物归还宁龙，以慰其家。此案终结，民奸终得惩处，王法得以伸张。”
民众闻讯后无不拍手称快，纷纷称赞包公明察秋毫，为民除害。自此以后，单贵和叶新的恶名在江湖上传开，成为警示世人的反面教材。而包公则因公正严明、断案如神而备受百姓敬仰。
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